José Joaquim Seabra nasceu em Salvador no dia 21 de agosto de 1855. Filho de José Joaquim Seabra e Leopoldina Alves Seabra, concluiu os primeiros estudos em Salvador, ingressando na Faculdade de Direito em Recife. Bacharelou-se em 1877 e, de volta à Bahia, foi nomeado primeiro promotor público de Salvador pelo então presidente da província, Henrique Pereira de Lucena. Em 1889, elegeu-se deputado geral pela Bahia, mas devido à proclamação da República não chegou a assumir o mandato. Em 1891, foi eleito deputado pela Bahia à Assembléia Constituinte.
Após promover oposição ao marechal Floriano Peixoto, participando em 1892 das manifestações públicas que visavam à sua deposição, foi deportado para Cucuí, no alto Amazonas.
Anistiado logo depois, voltou aos trabalhos na Câmara Federal e foi líder da maioria na Câmara no último ano da presidência de Campos Sales (1898-1902). Em 15 de novembro de 1902, renunciou ao mandato para assumir o Ministério de Interior e Justiça do governo Rodrigues Alves. Foi Presidente do Estado da Bahia por duas ocasiões. Em 1922, foi candidato à vice-presidência da República na chapa da Reação Republicana, encabeçada por Nilo Peçanha. Eleito para a Assembléia Nacional Constituinte de 1933 na legenda “A Bahia ainda é a Bahia”, J. J. Seabra atuou em oposição a Vargas, que o colocou em minoria dentro da bancada baiana, liderada por Antônio Garcia Medeiros Neto. Discordou publicamente da realização de eleições presidenciais, antes de ser aprovada a nova Carta Constitucional, e criticou a prorrogação dos mandatos dos deputados da Assembléia até outubro de 1934, quando se realizaram novas eleições para a Câmara Federal.
Casado com Amélia de Freitas, teve quatro filhos.
Faleceu em 5 de dezembro de 1942 no Rio de Janeiro.