Nascido em Belo Horizonte, em 14 de dezembro de 1930, Raphael Hermeto de Almeida Magalhães era filho de Dario de Almeida Magalhães – Deputado Federal por Minas Gerais nos anos de 1935 a 1937 – e Elza de Almeida Magalhães. Mais tarde, mudou com a família para o Rio de Janeiro, onde estudou e formou-se em Direito pela Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC – Rio). Na década de 1950 iniciou sua carreira política na União Democrática Nacional (UDN). Em 1954, participa da campanha oposicionista ao presidente Getúlio Vargas, que culminaria com o suicídio desse. Também se destacou na oposição ao governo do presidente Juscelino Kubistchek. Apoiou a campanha de Carlos Lacerda (UDN) ao governo do recém-criado Estado da Guanabara. Após a eleição de Lacerda ao governo da Guanabara, Raphael A. Magalhães assumiu as funções de Chefe da Casa Civil e Secretário de Obras, de Governo, do Interior, de Segurança, de Finanças e de Educação, tendo presidido a Comissão de Desenvolvimento Urbano da Guanabara e a Comissão de Reforma Universitária do Estado da Guanabara. Entre os anos de 1960 e 1965, esteve à frente do planejamento, programação e controle de execução de grande parte dos programas realizados pelo Estado da Guanabara.
Apoiou o Golpe Militar de 1964 e, em abril deste mesmo ano, foi eleito por via indireta a vice-governador do Estado da Guanabara – cargo anteriormente ocupado por Elói Dutra. Assumiu o governo, interinamente, por diversas vezes, sendo cogitado para a candidatura de sucessão a Carlos Lacerda no Gov. da GB. No entanto, seu partido, a UDN, optou por lançar a candidatura de Carlos Flexa Ribeiro, que acabou derrotado por Francisco Negrão de Lima, da coligação Partido Social Democrata (PSD) – Partido Trabalhista Brasileiro (PTB). O governo militar tinha na UDN seu principal aliado no Congresso, e a vitória da coligação PSD-PTB no Rio de Janeiro e do PSD em Minas Gerais – opositores do governo militar – deflagrou uma crise que culminaria na edição do Ato Institucional nº.2 (AI-2), que entre outras, suspendia as eleições por voto direto. Tal fato contrariou as intenções de Carlos Lacerda de se candidatar à sucessão do presidente Castelo Branco. Insatisfeito com os rumos tomados pelo governo militar, o qual apoiava, Lacerda deixa o Governo da Guanabara entes do término de seu mandado. Em seu lugar assume, em 04 de novembro de 1964, Raphael de Almeida Magalhães, que ficaria apenas um mês no cargo de governador. Com a extinção dos antigos partidos políticos pelo AI-2 e a criação de apenas dois partidos (Arena e MDB), Raphael A. Magalhães, junto à grande parte da antiga UDN, ingressou na Aliança Renovadora Nacional (Arena), partido criado para dar sustentação aos militares. Em novembro de 1966, elege-se deputado federal pelo Estado da Guanabara e no ano seguinte, torna-se vice-líder do governo na Câmara. Rompeu com o governo por ocasião da crise deflagrada pelo discurso de Márcio Moreira Alves, que culminaria na edição do AI-5, em dezembro de 1968. Por discordar de algumas medidas do governo, ficou preso cinco dias, embora seu mandado não tivesse sido cassado. Em protesto, interrompeu, ainda em 1968, sua atividade parlamentar. Passou a dedicar-se à iniciativa privada. Voltou à política em 1977, quando elaborou, juntamente a Teotônio Vilela, um documento denominado Projeto Brasil, que defendia a extinção do AI-5. Em 1978, lança, pela legenda Arenista, sua candidatura ao senado do Rio de Janeiro. Neste mesmo ano, adere à Frente Nacional pela Redemocratização, que defendia a volta do estado de direito, o fim do autoritarismo e a mudança de regime. Desiste da campanha para o senado, pela Arena, e passa a apoiar o MDB.Com a extinção do bipartidarismo, ajudou a fundar o PMDB (sucessor do MDB).
Com o fim do governo militar, Raphael A. Magalhães presidiu a comissão governamental encarregada de reformular o Sistema Nacional de Habitação (SNH). Em 1986 tomou posse na pasta da Previdência Social, nesta gestão, foi acusado de comprar irregularmente 328 apartamentos destinados a funcionários do INAMPS, IPAS e INPS. Em 1988 aceitou chefiar a Secretaria de Cultura do Estado do Rio de Janeiro, e continuou no cargo após a fusão desta secretaria com a de Educação, em junho deste mesmo ano. Deixou a Secretaria de Educação e Cultura em novembro de 1988, após enfrentar a mais longa greve de professores da História do Brasil até aquele período – 89 dias. Em seguida, assumiu até janeiro de 1989 a Secretaria Extraordinária para Assuntos Especiais. Entre 1899 e 1994, retomou suas atividades como advogado. Em 1994 participou do conselho político da campanha de Fernando Henrique Cardoso (PSDB) à presidência do Brasil, na qual este saiu vitorioso. Em maio de 1995, foi nomeado, pelo presidente FHC, Secretário Executivo do Conselho Coordenador das Ações Federais no Rio de Janeiro. De junho deste mesmo ano a junho de 1996, foi presidente do Conselho Administrativo da Rio 2004, que cuidou da candidatura do Rio à sede das Olimpíadas.
Raphael de Almeida Magalhães casou-se com Mitsi de Almeida Magalhães, com quem tem uma filha.